Communication

Liste de diffusion

L’objectif de la liste recherche-reproductible est de confronter les points de vue de différentes disciplines scientifiques sur la notion de reproductibilité et recenser les différentes initiatives prises notamment au niveau national. Au-delà du diagnostic spécifique à chaque discipline, il s’agit d’identifier certaines problématiques communes et d’évoquer, avec différents acteurs (chercheurs, éditeurs scientifiques etc.), les solutions qui peuvent émerger autour notamment du concept de publication exécutable.

Forum de discussion

Le forum de la recherche reproductible est le lieu pour discuter librement de la reproductibilité afin d’améliorer notre méthodologie de recherche en échangeant des expériences, des informations et des conseils. Aidez-nous à faire de ce site un lieu de discussion privilégié en essayant toujours d’améliorer la discussion d’une manière ou d’une autre, aussi minime soit-elle.

Syndication

Le flux RSS donne accès aux dernières nouvelles du réseau ainsi que des événements à venir en relation avec la rechercher reproductible en France et dans le monde.

Newsletters

Le réseau publie une newsletter tous les deux mois environ afin de partager les dernières actualités avec les membres du réseau.

Education

Recherche reproductible : principes méthodologiques pour une science transparente

Ce mooc propose des principes méthodologiques pour une science ouverte et transparente. Il aborde de manière pratique la prise de notes, le document computationnel, la réplicabilité des analyses. Vous prenez des notes et vous voulez vous y retrouver ? Vous faites des calculs sur ordinateur et vos résultats changent d’un jour à l’autre ? Vous aimeriez partager avec vos collègues vos analyses de données et vos derniers travaux et qu’ils puissent les réutiliser ? Ce mooc [Hinsen et al. 2020] est pour vous, doctorant-e-s, chercheur-se-s, étudiant-e-s en master, enseignant-e-s, ingénieur-e-s de toutes disciplines qui souhaitez vous former à des environnements de publication et des outils fiables.

Vers une recherche reproductible

Pour un chercheur, il n’y a rien de plus frustrant que l’impossibilité de reproduire des résultats majeurs obtenus quelques mois auparavant. Les causes de ce type de déconvenues sont multiples et parfois pernicieuses. Ce phénomène participe à ce que certains identifient comme une “crise de la reproductibilité de la recherche”. Cet ouvrage [Desquilbet et al. 2019] considère un ensemble de situations et de pratiques potentiellement dangereuses afin d’illustrer et de mettre en évidence les symptômes de la non-reproductibilité dans la recherche. À chaque fois, il propose un éventail de solutions allant de bonnes pratiques faciles et rapides à implémenter jusqu’à des outils plus techniques, tous gratuits et mis à l’épreuve par les auteurs eux-mêmes. Dans ce livre rédigé lors d’un book sprint, étudiants, ingénieurs et chercheurs devraient trouver des moyens efficaces et à leur portée pour améliorer leurs pratiques de la recherche reproductible.

Publications des membres du réseau

  1. Marchment, G., Brancotte, B., Schmit, M., Lemoine, F., and Cohen-Boulakia, S. 2024. BioFlow-Insight: facilitating reuse of Nextflow workflows with structure reconstruction and visualization. NAR Genomics and Bioinformatics 6, 3. DOI URL
  2. Cokelaer, T., Cohen-Boulakia, S., and Lemoine, F. 2023. Reprohackathons: promoting reproducibility in bioinformatics through training. Bioinformatics 39, Supplement_1, i11–i20. DOI URL
  3. Djaffardjy, M., Marchment, G., Sebe, C., et al. 2023. Developing and reusing bioinformatics data analysis pipelines using scientific workflow systems. Computational and Structural Biotechnology Journal 21, 2075–2085. DOI URL
  4. Hinsen, K., Legrand, A., and Pouzat, C. 2020. Recherche reproductible : principes méthodologiques pour une science transparente. FUN mooc. URL
  5. Desquilbet, L., Granger, S., Hejblum, B., Legrand, A., Pernot, P., and Rougier, N.P. 2019. Vers une Recherche Reproductible. . URL PDF
  6. Benureau, F.C.Y. and Rougier, N.P. 2018. Re-run, Repeat, Reproduce, Reuse, Replicate: Transforming Code into Scientific Contributions. Frontiers in Neuroinformatics 11. DOI
  7. Rougier, N.P., Hinsen, K., Alexandre, F., et al. 2017. Sustainable computational science: the ReScience initiative. PeerJ Computer Science 3, e142. DOI
  8. Brandt, M.J., IJzerman, H., Dijksterhuis, A., et al. 2014. The Replication Recipe: What makes for a convincing replication? Journal of Experimental Social Psychology 50, 217–224. DOI